IZ aargauSüd wird von den beteiligten Gemeinden gemeinsam getragen und gesteuert. Organisatorisch ist IZ aargauSüd dem Regionalplanungsverband aargauSüd regio angegliedert. Finanziert wird es durch gemeindeeigene Mittel, durch Beiträge aus dem kantonalen Integrationsprogramm KIP sowie durch projektbezogene Beiträge der regionalen Jugendförderung des Kantons. Nach der Projektphase (2016-2021) wurde IZ aargauSüd per 1.1.2022 in die regionalen Regelstrukturen überführt. Die Fachbereiche von IZ aargauSüd haben für einen Teil ihrer Aufgaben Leistungsvereinbarungen mit dem Kanton Aargau abgeschlossen.