IZ aargauSüd wird von den beteiligten Gemeinden und einer Vertretung des Kantons gemeinsam getragen und gesteuert. Organisatorisch ist IZ aargauSüd dem Regionalplanungsverband aargauSüd Impuls angegliedert. Finanziert wird es durch gemeindeeigene Mittel, durch Beiträge aus dem kantonalen Integrationsprogramm KIP sowie durch projektbezogene Beiträge der regionalen Jugendförderung des Kantons. Nach der Projektphase (2016-2021) wurde IZ aargauSüd per 1.1.2022 in die regionalen Regelstrukturen überführt.